實驗室名稱：高通量多體學研究室
主持人：林榮俊老師
由高通量基因定序與蛋白質/小分子鑑定所組成的雙質體學(Dual-omics)平台，是目前廣泛應用於基礎與臨床轉譯的研究方法。高通量基因定序可作為物種鑑定、基因組變異、與基因表現的分析平台；蛋白質/小分子鑑定可用於檢測基因或代謝產物於特定條件下之豐度。結合上述兩者，可建立遺傳物質與基因產物於特定條件或疾病中之互動網絡。
實驗室目前研究方向是使用長片段基因定序與層析質譜儀所組成之雙質體學分析平台，發展特定疾病之生物標誌，並探究基因體與蛋白質體組成之調控網路，對惡性疾病、慢性疾病、與退化性疾病之影響，並期將之進一步導向臨床應用。目前的研究方向如下:
(一)建立惡性疾病、慢性疾病、與退化性疾病之腸道環境，包含腸道菌叢與腸道代謝體組成，發展成為特定疾病之生物標誌，並經由體外細胞模式、動物試驗、與臨床人體試驗，探究腸道環境影響疾病發生或惡化之機制。
(二)使用長片段基因定序平台，建立結核桿菌與非結核分枝桿菌的抗藥性基因圖譜，並導入深度機器學習，發展上述致病菌的個人化治療。
(三)棕色脂肪組織因其能代謝脂肪的特性，被認為具有抑制肥胖與相關代謝疾病之臨床應用性。在棕色脂肪細胞發育相關研究，利用基因剔除動物與體外細胞發育模式，結合全轉錄組分析，目前聚焦於多個影響棕色脂肪成熟與其生理活性之轉錄後調控事件，包含訊息核醣核酸(mRNA)的替代性剪接(alternative splicing)、微小核醣核酸(microRNA)、與長片段非轉錄性核醣核酸(long intergenic non-coding RNA; lincRNA).
